Weder der Ort, wo das Gen eingebaut wird, noch die Anzahl der eingebauten Kopien noch die Wechselwirkungen mit anderen Genen können gezielt gesteuert werden. Um zu vermeiden, dass die neuen Gene in den Pflanzen sofort wieder still gelegt werden, werden sie mit Gen-Schaltern versehen (Promotoren), welche die biologische Aktivität der Gene erzwingen. Zudem müssen einzelne Bestandteile der Gene ausgetauscht und verändert werden, damit die Pflanzen das fremde Erbgut ablesen können.
Viele dieser Versuche misslingen und die große Mehrheit der Pflanzen muss verworfen werden. Oft sind zehntausende Versuche nötig, bis eine Pflanze mit den gewünschten Eigenschaften entsteht. Aber auch dann ist längst nicht klar, wo das Gen genau sitzt, welche anderen Gene direkt beeinflusst werden und wie der Stoffwechsel der Pflanzen insgesamt verändert wird.


